1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
猪盖他病毒（Getah virus,GETV）是塞姆利基森林病毒复合组成员中的一种虫媒病毒（Arbovirus），属于披膜病毒科（Togaviridae），甲病毒属（Alphavirus）。在 SFV 复合组中，GETV 与贝巴鲁病毒（Bebaru virus, BEBV）和罗斯河病毒（Ross River virus, RRV）和鹫山病毒（Sagiyamavirus,SAGV）亲缘关系密切。
GETV 归披膜病毒科甲病毒属（Alphavirus）是一种 RNA 病毒。大多数甲病毒成员由嗜血的节肢动物传播并且依据血清学交叉反应的特点被分为 8 个抗原复合组，包括 Barmah森林复合病毒（Barmah Forest viruscomplexes）、东方马脑炎病毒复合组（Eastern equine encephalitis viruscomplexes）、Middleburg 病毒复合组、Ndumu 病毒复合组、塞姆利基森林病毒复合组（Semliki forest viruscomplexes ）、Trocara 病毒复合组、委内瑞拉马脑炎病毒复合组（Venezuelan equineencephalitis virus complexes）及西方马脑炎病毒复合组（Western equineencephalitis virus complexes）。国际病毒命名委员会（International Committeeon Taxonomy of Viruses,ICTV）于 2012 年第 9 次报告确认目前共发现 29 种甲病毒，其中有13 种可引起人、动物疾病，至少 9 种在人群众发生流行。与已经公布的全基因序列比较发现，1956 年日本首次分离的鹫山病毒（SAGV）在遗传学和血清学分类上与 GETV 同属于赛穆利基森林病毒复合组[8]。按照抗原性关系分类，SAGV、贝巴鲁病毒（Bebaru virus, BEBV）和罗斯河病毒（RRV）是甲病毒属塞姆利基森林病毒复合组中 GETV 的一个亚型。
甲病毒蛋白质结构功能及复制特点如下： 正链基因组 RNA 是充当用于翻译多蛋白前体的 m RNA，其被 NSP2 中的病毒编码的蛋白酶自动催化处理成四种非结构病毒蛋白。非结构蛋白形成转录/复制复合体，其介导两种极性不同的病毒 RNA 的合成。 NSP1 棕榈酰化可能介导非结构蛋白在感染细胞的细胞质中与膜表面结合。另外 NSP1蛋白通过位于蛋白质中央两亲性 α 螺旋来结合到细胞质膜，可能与病毒 RNA 加帽有关。
2. 研究的基本内容和问题
课题的目标为：在曾爆发过猪盖他病毒疾病的湖南省及周边四川、河南、湖北、安徽、江苏、广东7省的发病猪样品进行RT-PCR检测，并进行病毒的分离鉴定、基因测序与分析，以了解GETV在中国部分地区猪群中的流行动态与毒株分布情况，为应对其在我国猪群中可能潜在的危害并建立相应的防制措施提供参考。
该课题的研究内容包括：一、对采集到的病料进行初步的处理：病料的保种、采样、加PBS研磨、-80℃保存备用。二、使用试剂盒对样本进行RNA的提取，-80℃保存备用。三、设计猪GETV病毒的特异性检测引物，引物由公司合成。四、使用试剂盒对样本进行RT-PCR检测。五、培养Vero细胞和BHK21细胞，进行病毒的分离与鉴定。六、设计病毒的测序引物，引物由公司合成。七、对阳性毒株进行测序，得到该毒株的全基因。八、用MEGA 7.0中的邻接法进行遗传进化分析、绘制系统进化树。
3. 研究的方法与方案
研究方法：
本实验主要进行分子学实验，包括RNA的提取、反转录、特异性PCR 检测、DNA序列测定。
4. 研究创新点
本研究首次对国内7省的发病猪场进行猪盖他病毒的广泛调查，对猪盖他病毒在全国的流行分布有大致了解。本课题对病毒序列进行重组分析，能筛选重组病毒并分析重组特征；构建系统发育树，能够了解调查地区主要基因型，为我国制定GETV的防控措施提供依据。
5. 研究计划与进展
1.研究计划
1.1 2020年2月17日-2020年3月5日
完成病料收集，核酸提取。
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