1. 研究目的与意义
黄曲霉毒素Ｂ1（AFB1）是一类由寄生曲霉和产毒黄曲霉等产生的有毒次级代谢产物，具有较强的致癌性和毒性，且结构非常稳定，一般高温加热都不能将其破坏，对人畜的生命安全具有严重的威胁。而在现阶段，无法通过有效的方法保证食品完全不受AFB1的污染，所以世界上绝大多数国家都制定了食品和饲料中AFB1的最大允许含量，并积极探索快速、高效检测产品中AFB1含量的方法。
在众多的检测方法中，采用免疫学原理进行检测的方法由于其成本较低、灵敏度高、操作简单快速等优点而成为研宄热点。其中，作为第三代基因工程抗体之一的单链抗体（ScFv）由于免疫原性低、分子量小、易于改造和表达而受到人们的广泛关注。噬菌体展示抗体库技术具有操作简单，库容量大，筛选通量高等优点，通过提取出具有较高亲和力的单链抗体，为人们获得高质量抗体提供了强有力的技术支撑。
本实验用SWISS-MODEL网站对筛选出的几个单链抗体的三维结构进行同源建模，通过序列同源性分析选择模板。建立的模型用PYMOL可视化，并对其进行质量评估。为了了解AFB1与单链抗体之间的分子相互作用，利用Autodock软件分析抗原#8722;抗体对接，从而找到最佳结合构象、方式和位点。2. 研究内容和预期目标
研究内容：
基于Autodock的黄曲霉毒素AFB1的ScFv与抗原AFB1分子对接研究
关键问题：
3. 国内外研究现状
近年来，作为第三代基因工程抗体之一的单链抗体（ScFv）由于免疫原性低、分子量小、易于改造和表达而受到人们的广泛关注。国外有学者利用SWISS-MODEL网站对yAFB1c3、sAFH-3e3、sAFH-3e11和sAFH-3f11的三维结构进行同源建模，并通过序列同源性分析选择模板。建立的模型用PYMOL可视化，用MolProbity网站对模型进行质量评估。为了了解AFF1与单链抗体之间的分子相互作用，利用GOLD软件分析抗原#8722;抗体对接，再从PubChem化合物数据库中获得AFF1分子。在不同的运行中测试ChemPLP评分功能。在Discovery Studio Visualizer中考虑并查看得分最高的解决方案。
我国近几年来对筛选单链抗体的研究也有了很大进展。有专家以AFB1为研究对象，从AFB1－BSA免疫小鼠的脾细胞内扩增ScFv基因，将ScFv片段插入pCＡNTAB5e载体中，应用噬菌体展示技术筛选抗AFB1－ScFv，并对其性质进行分析。在进行同源建模后，将ScFv的３Ｄ结构与AFB1模型进行分子对接，优化后得到最为稳定的分子对接结构，根据对接的３Ｄ和２Ｄ图可以清楚地找出，ScFv－Ａ和ScFv－Ｂ在于抗原AFB1结合过程中起关键作用的氨基酸，以及抗原抗体的结合方式。|
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4. 计划与进度安排
1、2022.11~2022.12
确定课题研究计划，搜集、查阅相关文献，了解目前国内外研究现状。
2、2022.12~2022.01
整体规划研究课题，完成开题报告，翻译外文文献并安装相关软件.
3、2022.01~2022.03
利用autodock 和 pymol等进行同源建模和分子对接，对结果进行比较分析。
4、2022.03~2022.04
撰写论文初稿，做好中期检查。
5、2022.04~2022.05
修改论文，准备论文答辩相关工作。
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5. 参考文献
[1]陈晶. 抗黄曲霉毒素B1单链抗体噬菌体库的构建、筛选及性质分析[D].华中农业大学,2016.
[2]马兰,刘爱平,王佳,王小红.抗黄曲霉毒素B1单链抗体基因克隆及其结构分析[J].南方农业学报,2017.
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