1. 研究目的与意义
磷酸氯喹（chloroquine phosphate）为氯喹的磷酸盐，是一种通过对最古老的抗疟药奎宁的结构优化改造而来的经典抗疟药物，临床已经使用了70多年。目前随着其抗炎及免疫调节作用的发现，氯喹更多是用于风湿免疫性疾病的治疗。2003年重症急性呼吸综合征（severe acute respiratorysyndrome, SARS）事件期间，有研究发现氯喹可以有效预防和阻滞SARS 病毒在细胞中的复制[1]，建议将氯喹用于治疗SARS[2]。2019年12月以来，湖北省武汉市陆续发现新型冠状病毒（novel coronavirus，2019-nCoV）感染肺炎患者并迅速蔓延至全国各地区。2020年2月4日，肖庚富等发表研究表明瑞德西韦（Remdesivir）和氯喹在体外控制2019-nCoV感染非常有效，具有进入临床试验阶段的潜力[3]。截止2020年2月21日，磷酸氯喹在北京、广东一共进行了135例治疗新冠病毒肺炎的临床试验，效果显著。经专家组讨论，将磷酸氯喹纳入《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第六、七版）》[4]。
2019-nCoV的全序列已经公开（GenBank:MN908947），其关键靶点的蛋白结构很多都可以通过同源建模方法构建三维模型，包括3CLpro、RBD、ACE2、PLpro、nsp16等7个靶点。本课题研究内容是要求学生在查阅磷酸氯喹相关文献报道的基础上，通过计算机模拟技术，对磷酸氯喹与2019-nCoV靶点蛋白的相互作用进行研究。
1. 新型冠状病毒的研究进展
2. 研究内容与预期目标
查阅并综述磷酸氯喹在各疾病领域的研究进展及作用机制，尤其2019年底以来磷酸氯喹在新型冠状病毒肺炎临床的应用情况；
熟悉计算机模拟技术在药物研发领域的应用情况，综述基于受体三维结构的分子对接技术（molecular docking）在研究药物作用机理方面的进展，并设计出与磷酸氯喹抗2019-nCoV机理相关的受体-配体结合研究方案；
通过autodock、pymol等软件计算磷酸氯喹三维结构与2019-nCoV靶点蛋白受体之间的对接情况及结合能，推测磷酸氯喹的具体结合部位及氨基酸残基；3. 研究方法与步骤
研究方法：采用分子对接技术（molecular docking）对磷酸氯喹与2019-nCoV靶点蛋白的相互作用进行研究。
研究步骤：
1. 应用Chemdraw软件画出磷酸氯喹分子结构，在蛋白质PDB晶体结构数据库(http://www.pdb.org)中找寻蛋白受体的结构；
4. 参考文献
[1] Keyaerts E, Vijgen L, Maes P, etal. In vitro inhibition of severe acute respiratory syndrome coronavirus bychloroquine[J]. Biochem Biophys Res Commun, 2004, 323(1): 264–268.
[2] Savarino A, Boelaert J R, Cassone A,et al. Effects of chloroquine on viral infections: An old drug against today'sdiseases?. Lancet Infect Dis, 2003, 3(11): 722-727.
[3] Wang M, Cao R, Xiao G, et al.Remdesivir and Chloroquine Effectively Inhibit the Recently Emerged NovelCoronavirus (2019-nCoV) in Vitro[J]. Cell Res,2020, 30 (3): 269-271.
5. 工作计划
（1）2022-12-23~2022-3-15（第1-3周）在查阅文献资料的基础上，写出开题报告。
（2）2022-3-16~2022-5-31（第4-14周）完成磷酸氯喹与2022-nCoV靶点蛋白（7个）的分子对接研究并推测其结合位点及氨基酸残基等。
（3）2022-6-1~2022-6-12（第15-16周）撰写毕业论文并答辩。
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