基于分子对接技术的洛匹那韦与冠状病毒靶点蛋白的相互作用研究开题报告

 2022-12-10 10:36:44

1. 研究目的与意义

洛匹那韦(Lopinavir, LPV)是一种HIV蛋白酶抑制剂,主要通过阻断gag-pol聚蛋白的分裂,产生未成熟的、无感染力的病毒颗粒而发挥抗HIV病毒的作用。洛匹那韦/利托那韦(LPV/r)是第一个上市的复合型蛋白酶抑制,2000年9月被美国FDA批准上市,并于2007年11月获批在中国上市。

洛匹那韦

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2. 研究内容与预期目标

在查阅抗病毒药物洛匹那韦相关文献报道的基础上,通过计算机模拟技术,对洛匹那韦与2019-nCoV靶点蛋白的相互作用进行研究。

(1)查阅并综述抗病毒药物洛匹那韦在各疾病领域的研究进展及作用机制,尤其2019年底以来洛匹那韦在新型冠状病毒肺炎临床的应用情况;

(2)熟悉计算机模拟技术在药物研发领域的应用情况,综述基于受体三维结构的分子对接技术(molecular docking)在研究药物作用机理方面的进展,并设计出与洛匹那韦抗2019-nCoV机理相关的受体-配体结合研究方案;

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3. 研究方法与步骤

研究方法:采用分子对接技术(molecular docking)对洛匹那韦与2019-nCoV靶点蛋白进行研究

研究步骤:

1. 应用Chemdraw软件画出洛匹那韦分子结构,在蛋白质PDB晶体结构数据库(http://www.pdb.org)中找寻蛋白受体的结构;

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4. 参考文献

[1]Snijder EJ, van der Meer Y, Zevenhoven-Dobbe J. Ultrastructure and Origin ofMembrane Vesicles Associated with the Severe Acute Respiratory SyndromeCoronavirus Replication Complex. J Virol, 2006, 80(12): 5927-5940.

[2]Clercq ED. Anti-HIV drugs: 25 compounds approved within 25 years after the discoveryof HIV. Int J Antimicrob Agents, 2009, 33(4): 307-320.

[3] XuX, Chen P, Wang J, et al. Evolution of the novel coronavirus from the ongoingWuhan outbreak and modeling of its spike protein for risk of humantransmission. Sci China Life Sci, 2020, 63(3): 457-460.

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5. 工作计划

(1)2022-12-23~2022-3-15(第1-3周)在查阅文献资料的基础上,写出开题报告。

(2)2022-3-16~2022-5-31(第4-14周)完成抗病毒药物洛匹那韦与2022-nCoV靶点蛋白(7个)的分子对接研究并推测其结合位点及氨基酸残基等。

(3)2022-6-1~2022-6-12(第15-16周)撰写毕业论文并答辩。

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